Vscode-R,R IDE的另一个选择

R studio 几乎是每个R初学者必备的R IDE，同时由于其跟R整个社区环境互作的很好，所以很多人都是将R studio和R等同起来的。但最近的一些需求使得我不得不寻求R studio以外的R IDE。

首先我需要安装一些 bioconductor 3.11 版本以后的R包，其次就是我需要安装一些需要较新的GCC版本的R包，比如Rcpp相关的一些。由于bioconductor 和 R 的版本是密切相关的，所以前者需要我有R 4.0以上的R版本，而后者需要师兄重新修改服务器上的GCC。可惜的是，这两者在正常情况下，是无法做到的。因为生信的文件操作常常涉及到多线程（进程）、大内存的需求，本地的电脑无法承担这类任务，所以我的日常R语言操作都是在服务器上进行的。而服务器版本的R studio一次只支持一种版本的R，除非实验室购买专业版本的R studio，才有可能实现每个人自由切换自己的R版本。而修改GCC则更是不可能了，因为这几乎涉及到了服务器上所有的软件。

为了解决以上的矛盾冲突，我首先想到的是利用conda构建一个独立的R语言环境，然后再在里面进行操作。如果仅仅只是在conda里面的R中进行简单的加减法操作，可能这个解决办法已经可以了。但除了简单操作，我们还有一系列赋值，画图等操作。这就需要我们有另外的IDE去操作conda里面的R了，这也是本文的由来。

对于操作conda里面R的IDE选择，首选肯定还是R studio。如果服务器上装的R studio不能自由地切换到我们自己装的R，那conda里面的R studio可以么。答案是肯定的，conda中也存在着R studio。也有很多教程教你如何在conda里面调用R studio，但有一个很大的问题就是，conda里面的R studio版本不支持R 4.0以上的版本。所以这个解决办法并不适用于我的情况。

所以，我们就需要考虑另一些非主流的IDE了¹²。不过由于我本身是个很怕麻烦的人，服务器上的诸多配置都是师兄配置好的。所以我在选择IDE的时候，会倾向于选择拥有比较成熟的适配R语言插件的那些IDE。在搜寻了诸多资料之后，我发现了飞哥的一篇文章³。发现似乎vscode-R是一个相对来说比较成熟的R语言插件了。

其安装方法或者配置，由于飞哥的文章已经珠玉在前，我也没有必要连篇累牍了。只是由于飞哥的文章已经是一年之久了，该插件也经过了几番更新，所以我在此列出一些tips，供大家参考。

首先就是该插件在最近几个月引入一个非常好的功能：workspace viewer，其功能类似于R studio布局右上角的那个Global Environment。 可以看到，你在产生一个变量的同时，workspace那里就会出现你变量的信息了。同时还可以点击那个变量查看详细的信息。

这个功能是促使我最终选择这个插件最重要的原因了。不过由于这个插件功能是最近才引入的，如果想要体验这个功能的话，一定要把该插件升到较新的版本。

同时，在早期版本的session worker中，查看图片的原理实际上是产生了你画图的plot.png，然后vscode-R去调用这个png。但实际上，由于png的分辨率非常地低，这样的操作并不是很方便。不过在后面的版本更新中，作者完善了插件，让session worker能够充分与httpgd包进行联动⁴。这样，最终的图片呈现的分辨率就非常地高了，缩放查看也非常地方便了。

其次我还想说，除了通过本地vscode的Remote-SSH插件来连接服务器，操作R以外。通过code-server来直接操作也是个不错的选择⁵。

然后就是本人血淋淋的踩坑教训了，即你vscode当前工作目录的路径必须是跟你当前R语言的工作目录路径一致。这个状况常出现在软连接的时候。比如你将data/test软连接到了/home/test，然后你通过vscode打开的路径是home/test，而R语言的工作路径可能仍旧是data/test。这时候，vscode-R的session wacther功能，即上面的即时图片和变量显示就会失效了。

最后我想说的是，我也是刚刚开始对这个插件的使用，只尝试了一些我要用到的R包或者操作，并没有开始稳定地测试过。同时也因为很多地方提到了conda里面的R具有一些不稳定的坏处。所以我也不能确定R in conda + vscode-R 这个搭配是否可行。如果大家有其他不同的意见，也非常欢迎留言告诉我。